Для проведения экспертизы организовывается специальная комиссия, с привлечением сертифицированных специалистов в области экологии. Государственная экологическая экспертиза проводится собственными силами уполномоченных органов Роскомнадзора, но для организации общественной экспертизы — привлекаются сторонние компании с соответствующей лицензией.
Общественная экспертиза проводится аналогично государственной, но в рамках программ, сосредоточенных на реализацию небольших, местных проектов. Подобный вариант экспертизы может проводиться и в отношении тех проектов, которым требуется проведение государственной, но, в качестве исключения, запрещено проводить общественные процедуры для тех объектов, деятельность которых составляет государственную тайну. Таким образом, этот вариант доступен большинству программ по строительству или другой хозяйственной деятельности, которая затрагивает вопросы сохранения экологического фонда.